Problematisch sind die Fälle, in denen Anleger Wertpapiere desselben Unternehmens zu verschiedenen Zeiten gekauft haben und einen Teil davon innerhalb der zwölfmonatigen Spekulationsfrist verkaufen. Die überwiegende Zahl der Anleger bewahrt die Papiere in einem Girosammeldepot auf. Das heißt, es kann kein Identitätsnachweis geführt werden, welche der Papiere verkauft wurden.
Nach früherer Rechtslage wurde der Veräußerungsgewinn wie folgt ermittelt (BFH-Urteil vom 24.11.1993, BStBl. 1994 II S. 591):
Die Berechnungsregel für Veräußerungsgewinne bei Staffelkäufen, die bisher auf der BFH-Rechtsprechung beruhte, wurde zum 1.1.2005 per Gesetz geändert und vereinfacht (§ 23 Abs. 1 Nr. 2 Satz 2 EStG 2005): Ab 2005 und auch künftig unter der Abgeltungsteuer gilt für die Berechnung des Spekulationsgewinns oder -verlusts die sog. Fifo-Methode (first in - first out). Das bedeutet, dass für die Steuerrechnung die zuerst gekauften Aktien als zuerst verkauft gelten. Die Fifo-Methode betrifft nun also nicht mehr nur Aktien, die - wie bisher - schon länger als 12 Monate im Depot lagen, sondern auch Aktien, die in den letzten 12 Monaten gekauft wurden. Es bleibt aber dabei, dass Aktien, die außerhalb der Einjahresfrist angeschafft wurden, als zuerst verkauft gelten und bei der Ermittlung des Spekulationsgewinns nicht berücksichtigt werden.
Die neue Fifo-Methode konnten die Banken bereits für das Jahr 2004 bei der Ausstellung der Jahresbescheinigung anwenden. Ebenso konnten auch Anleger bereits für 2004 die neue Berechnung anwenden, wenn dies für sie günstiger ist (BMF-Schreiben vom 5.4.2005, BStBl. 2005 I S. 617). Ab 2005 gibt es allerdings kein Wahlrecht mehr, FiFo ist Pflicht. Das gilt auch 2009 im Rahmen der Kapitaleinkünfte. Zur Berechnung der Abgeltungsteuer werden stets die Kurse der ältesten Titel genommen. Waren die vor 2009 angeschafft und ist die Spekulationsfrist abgelaufen, fällt keine Abgeltungsteuer an.
Beispiel: Ein Anleger kauft im Januar 1.000 Wertpapiere zum Kurs von je 10 Euro. Im Juli erfolgt ein Nachkauf von weiteren 1.000 Papieren zu je 20 Euro. Im Dezember kommt es zu einem Verkauf von 1.000 Anteilen zu je 14 Euro.
| Verkaufsjahr | ab 2005 | bis 2004 |
| Verkaufserlös (1.000 x 14) | 14.000 | 14.000 |
| abz. Kaufpreis (1000 x 10, FiFo) |
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| abz. Kaufpreis (1000 x 15, Durchschnitt) | -10.000 | -15.000 |
| Kursertrag innerhalb eines Jahres | 4.000 | -1.000 |
| Davon zu versteuern 100% | 4.000 | -1000 |
| Noch benötigte Kursverluste | 3.488 | 0 |